卷一经候门经闭痛经潮热、蒸热、寒热鼻衄带下崩漏阴肿门卷二种子门卷三胎前门恶阻胎动不安漏胎心腹胀满
内容提要生理学合参卷一一、西医生理学脑血液皮肤消化器循环器呼吸器排泻器神经系五官器生殖器二、中医生理学五脏六腑此外病理学合参卷二一、热二、痛三、血四、呕吐五、谵语六、泻七、肿，胀八、汗九、头痛十、咳嗽
首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
叙正文跋
卫济宝书
自序例言卷一禀赋源流总论摄养为本总论卷二阴阳脏腑总论卷三营卫经络总论卷四上四诊合参总论卷四下经解格阳关阴脉脉应四时阴阳脉候部位脉象辨病诊脉察色观形经脉应四时十二月五脏绝脉五脏脉象辨脉平病死旺之象辨平病
第1部分第2部分
序自序续序凡例卷之上痧症发蒙论玉衡要语痧分表里辨治痧宜看凉热唇舌辨大小便宜通咽喉治法治痧当绝其根痧原论治痧当分经络痧与杂症轻重不同治痧三法痧前禁忌痧后禁忌痧胀凶症痧为百病变症医家当识痧筋放痧有十放痧须
序凡例自记卷一病机赋经论总抄药性歌（凡二百四十首 添加）卷二真中风一中腑中脏类中风二气虚 附血虚。中气痰火湿痰中寒三外因内因暑证四动而得之静而得之湿证五外因内因燥证六风燥火燥虚燥火证七君火相火郁火五志
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一