序题辞凡例总论第一延医法论第二表论第三里论第四寒论第五热论第六虚论第七实论第八辨惊风之误论第九不可饿论第十治痘论第十一治疹论第十二
提要原序自序卷一伤寒人参煮散金沸草散石膏散太一散人参诃子散沉香散柴胡散陷胸散豆蔻散金针丸仙茅丸人参散顺气散返阴丹正元散退阴散夺命丹风证烧肝散骨碎补丸马兰花煎丸草还丹牛膝煎丸牛膝海桐皮煎丸天雄沉香煎丸金
鍼灸问对
痎疟论疏
曹序自序序例卷之一·阴阳脏腑部阴阳五脏卷之二·阴阳脏腑部诊法通论诊虚实法、诊寒热法（俱入治法）诊病传变（诊病将死期入诊生死条）诊病愈剧诊生死诸脉诊病杂法诊一岁病证相同卷之三·阴阳脏腑部治法通论倒仓法药
洄溪医案
正文种痘要旨选苗蓄苗天时择吉调摄禁忌可种不可种水苗种法五脏传送之理旱苗种法痘衣种法痘浆种法信苗补种自出治法
傅青主女科歌括
脉学阐微
活法机要