自序卷上石膏滑石芒硝甘草黄人参桔梗术白头翁卷中黄连黄芩柴胡贝母细辛当归芎芍药牡丹皮茵陈蒿艾麻黄地黄葶苈大黄大戟甘遂附子半夏芫花五味子栝蒌实葛根防己卷下香豉泽泻薏苡仁薤白干姜杏仁大枣橘皮吴茱萸瓜蒂桂枝浓
序凡例上品丹砂云母石钟乳矾石朴硝滑石禹余粮紫石英五石脂扁青菖蒲菊花甘草干地黄术菟丝子牛膝柴胡麦门冬车前子木香薏苡仁泽泻龙胆细辛石斛蓍实黄连黄肉苁蓉防风续断决明子丹参五味子蛇床子沙参菌桂松脂槐实柏实茯苓
总论各论温病大纲逆传入营流连气分邪留三焦里结阳明卫、气、营、血看法论湿邪察舌白苔黄苔绛舌紫舌淡红舌黑苔验齿辨斑疹辨白疹论妇人温病
凡例上卷小儿初受气论受胎论小儿形证歌颅囟要略择乳母论慎护论护持歌调理五法长寿无病歌寿夭歌杂病证候歌一见生死歌恶症十五候通真子诊脉歌诊脉歌诊脉快捷方式歌五经统论变蒸赋变蒸日例看三关证经诀入门辩症歌相手指
序序刻孙真人眼科秘诀序卷之一孙真人眼科总理七十二症秘诀冲和汤玄灵圣方制炉甘石药开明汤十大将军冲翳散揭障丹十二将军二圣散论二圣散扫雾丹制蕤仁之法大决明散赛宝丹调合赛宝丹法补脑还精丸外治烂弦迎风有泪方卷之
宣明方论
湿热病篇
肠痈急劳走马牙疳西法化验倒视痧秽宜嚏、过饱宜吐痧症、鼠疫寒包暑热久咳、风温咳风寒二便不通神昏谵语（一）用药分量胎黄鼻衄湿温、疝气、风疹、热入血室、阳明经白虎证、天花、时气肝气为湿热所遏 痘不化浆神昏谵
卷一痘原出痘形证痘出五脏形证痘主部位痘形顺逆痘色顺逆痘证老嫩痘证疏密辨形神声气饮食之虚实辨气血虚实证辨表证虚实辨里证虚实辨阳热证辨阴寒证辨虚实寒热误治禀赋顺逆险天时顺逆险人事顺逆险发热顺证发热险证发热
卷之一要书说六经图足太阳膀胱经手小肠足阳明胃经手大肠足卲阳胆经手三焦足太阴脾经手肺足少阴肾经手心足厥阴肝经手心胞伤寒纲领伤寒论伤寒标本表里虚实发表之药用温攻里之药用寒温里之药用热论十六种治法一 伤寒二